Bactériologiste et virologue, le tortionnaire nazi ci-dessus est avant tout connu pour avoir pratiqué au camp de Natzwiller-Struthof en Alsace, sur des déportés, des expériences « médicales » concernant le typhus, l’hépatite et la grippe. Des expériences menées sur plusieurs centaines de détenus, des Tziganes en provenance d’Auschwitz auxquels on avait injecté le virus du typhus. Ces expériences ne donneront aucun résultat et provoqueront une épidémie de typhus dans le camp jusque-là épargné par cette maladie. HAAGEN pratiquera également au Struthof des injections de lèpre, de peste et d’autres maladies virales sur des détenus, de manière à observer sur eux les effets de ces contaminations, plusieurs traitements étant essayés pour une même maladie. Lorsque les expériences étaient terminées, et si les sujets n’étaient pas morts, ils étaient exterminés et incinérés. Déjà reconnu mondialement dès le début des années 1930 pour ses travaux sur les virus et la vaccination, et avoir obtenu un contrat à la fondation Rockefeller de New-York, puis travaillé dans un Institut à Berlin, il voulait poursuivre ses études sur le typhus puis d’autres maladies contagieuses et élaborer un vaccin, non plus à base de bacilles morts mais vivants. Rappelons que HAAGEN, ex-directeur de l’Institut d’Hygiène de Strasbourg, avait été candidat au prix Nobel de médecine en 1936, ce qui est tout simplement consternant. Comme le révélera l'auteur d'un ouvrage consacré à ces atrocités, Serge JANOUIN-BENATI, c'était un homme distant, hautain, froid, méthodique, imperturbable, flegmatique, dépourvu de sentiment. Afin de mener à bien ses expériences concernant le typhus, il avait obtenu des cobayes humains, des Polonais, malades et affaiblis, qui ne résisteront pas aux expériences. Âgés de 11 à 64 ans, les prisonniers étaient déjà si faibles et malades à leur arrivée que dix-huit d'entre eux décédèrent au cours du transport. Les quatre-vingt-deux survivants furent enregistrés officiellement à Natzweiler le 12 novembre 1943. Après un examen médical, HAAGEN refusa ces cobayes et se plaignit du mauvais état de santé du matériau - comme il les qualifia - et demanda de nouveaux prisonniers à Auschwitz.

Condamné d'abord le 24 décembre 1952 par le tribunal militaire de Metz aux travaux forcés à perpétuité, il sera finalement condamné à Lyon le 15 mai 1954, en même temps que l'un de ses homologues Otto BICKENBACH, à vingt ans de travaux forcés, mais, il sera amnistié dès 1955 et il épousera ensuite Brigitte CRODEL, une assistante médicale. Un véritable scandale qui n'honore vraiment pas l'institution judiciaire ! Deux ans plus tard, il sera renvoyé en Allemagne et il obtiendra une chaire de professorat, travaillant pour le centre fédéral de recherche sur les maladies virales des animaux.